Tim Kearney (Paul Walker) es un antiguo marine, ahora encarcelado, al que un agente (Laurence Fishburne) de la DEA -Agencia antidroga norteamericana- hace una oferta: podrá obtener la libertad si se hace pasar por Bobby Z, un capo de la droga recientemente fallecido. Las cosas no sale como estaban planeadas, y Kearney tendrá que huir con el hijo de Bobby Z, un chaval de 12 años.

El juego se desarrolla en el año 1960. El avión en el que viajas se estrella en medio del Atlántico en circunstancias desconocidas, todos los pasajeros mueren excepto tú, afortunadamente logras escapar del infierno y descubres una extraña ciudad submarina conocida como Rapture.
Mientras avanzas en la ciudad submarina se irá revelando la presencia de varios seres y en el suelo encontrarás muchos cadáveres, cadáveres de seres humanos deformados y casi monstruosos. La historia de BioShock ha comenzado.